De Europese doelen tegen 2050 realiseren, is een complex werk van beheer, acties, bescherming, opvolging ... Om het overzicht te bieden, om te plannen en te kunnen bijsturen, wordt gefaseerd gewerkt, met zesjaarlijkse cycli. Het Vlaams Natura 2000-programma beschrijft alle beleidsmatige inspanningen en gebiedsgerichte acties die daartoe in één cyclus geleverd moeten worden.
De samenstelling van het Vlaams Natura 2000-programma is beschreven in het natuurdecreet, art. 50 ter §3:
‘Het Vlaams Natura 2000-programma bevat ten minste:
1° een taakstelling op niveau van het Vlaamse Gewest die bestaat uit de inspanningen met betrekking tot het natuurbehoud, die nodig worden geacht ter realisatie van de instandhoudingsdoelstellingen tijdens de programmacyclus in kwestie. De taakstelling bevat een bindend gedeelte, namelijk het deel van de inspanningen dat tijdens de programmacyclus in kwestie moet worden gerealiseerd, en een richtinggevend deel, namelijk het deel van de inspanningen waarvan de realisatie tijdens de programmacyclus in kwestie wordt nagestreefd en dat geheel of gedeeltelijk in een latere cyclus kan worden gerealiseerd;
2° een opgave van de acties voor de realisatie van de taakstelling;
3° een overzicht van de actoren die een bijdrage leveren tot:
a) de realisatie van de acties;
b) de coördinatie van de uitvoering van het programma;
c) alle overige door de Vlaamse Regering te bepalen aspecten in verband met de uitvoering van het programma;
4° een overzicht van de geraamde uitgaven voor de uitvoering van het programma.

De taakstelling en de acties als vermeld in het eerste lid, 1° en 2°, omvatten tevens een programma van aanduiding van zones waar instandhoudingsdoelstellingen en instandhoudingsmaatregelen dienen gerealiseerd te worden buiten de speciale beschermingszones en van de opmaak van managementplannen voor deze zones. De Vlaamse Regering duidt deze zones aan voor 1 januari 2019 en bepaalt nadere regels betreffende de procedure voor de aanduiding van deze zones.’