De ruimtelijke plaatsing van natuurdoelen andere dan Europees te beschermen habitats is altijd mogelijk buiten de zoekzones. De ruimtelijke plaatsing van natuurdoelen voor Europees te beschermen habitats buiten een zoekzone kan overwogen worden mits onderbouwing. Daarbij moet nagegaan worden of de voorgestelde alternatieve plaatsing ecologisch minstens evenwaardig is en of er geen betekenisvolle bijkomende gevolgen zijn voor derden. Dat laatste moet garanderen dat de goedkeuring van de plaatsing van Europese natuurdoelen consistent is met het verlenen van vergunningen voor andere activiteiten, en vice versa.

Het deel van het natuurbeheerplan dat niet aan deze voorwaarden voldoet, wordt ofwel bijgesteld (bvb. aanduiding als leefgebied van een Europees te beschermen soort), ofwel niet goedgekeurd en wordt er dus geen subsidie verleend. Een gelijkaardige regeling is van toepassing voor projectsubsidies natuur: het deel van het project dat niet aan de voorwaarden voldoet wordt niet gesubsidieerd. Een eventuele vergunning verloopt dan via de reguliere kanalen onder de reguliere voorwaarden.