In de meest waardevolle ecologische kernzones van het bos wordt gekozen voor het laten primeren van de ecologische bosfunctie zodat een verdere verhoging van de habitatkwaliteit gerealiseerd kan worden. Dit kan door uitbreiding van bosreservaten en het afbakenen van een voldoende aantal verouderingseilanden verspreid in het bos. Er wordt geschat dat het bos zal evolueren van 40 ha tot op lange termijn 300 ha boshabitat met een uitstekende staat van instandhouding.In de andere delen van het bos biedt dit IHD-rapport een belangrijk kader dat aangeeft in welke richting een meer natuurgericht bosbeheer in het Zoniënwoud dient te evolueren. De ecologische kwaliteit kan nog sterk verbeterd worden als het bosbeheer aandacht heeft voor het verbeteren van de structuurparameters (meer dood hout in het bos, het verbeteren van de horizontale en verticale structuur, maximaal behoud van monumentale bomen (omtrek > 300 cm), ontwikkelen van structuurrijke bosranden, uitbreiden van het aantal open plekken). Een plaatselijke kwaliteitsverbetering van het leefgebied voor Vliegend hert zal noodzakelijk zijn om de kansen voor een mogelijke terugkeer veilig te stellen.Het grootste deel van het bos wordt beheerd door het Agentschap voor Natuur en Bos. In de overige 9 % van het bos zal via samenwerking met de private boseigenaars binnen de criteria duurzaam bosbeheer worden gewerkt aan een habitatkwaliteitsverbetering. Het verbeteren van structuurparameters zal een doelstelling zijn voor het toekomstig beheerplan. Verwacht wordt dat er op middellange termijn de vooropgestelde doelstellingen (o.a. een B-score voor parameters dood hout) kunnen gehaald worden.